ترتيب اداره مملكت پهناور ايران ( بعد از خارج شدن از استيلاي عربها ) ، به صورتي درآمد كه ولايتهاي ايران ،‌كمابيش به حالت نيمه مستقل امور خود را انجام مي دادند . اين ترتيب حكومت ، به خصوص در اواخر عصر غزنوي و در تمام دوره سلجوقي به صورت چشمگيري توسعه و گسترش يافت.
تركمانان سلجوقي به سبب وسعت ممالكي كه به دست آورده بودند ، اداره آن را از حالت تمركز خارج ساختند ، ( به خصوص كه خود نيز پايتخت ثابت نداشتند )‌. سلجوقيان به تناسب رعايت اوضاع زمان ،‌نيشابور مرو،‌اصفهان و اندك زماني نيز ، بغداد را پايتخت خويش قرار دادند . البته ، اين غير از موقيعت سلجوقيان كرمان و سلجوقيان آناتولي است كه هر كدام پايتختهاي خاص خود را داشتند ( اگر چه ،‌آن نيز به نوبه خود متغير بود) . به عنوان مثال ،‌سلجوقيان كرمان هفت ماه گرم از سال را در كرمان ( بردسير )‌ و پنچ ماه سرد را در جيرفت ( قمادين ) مي گذراندند كه تا پايتخت زمستاني ، بيش از چهل فرسنگ ( 240 كيلومتر ) فاصله داشت .
پادشاهان سلجوقي ، اصولا" در دربار خود ريش سفيدان و مربياني داشتند كه در اداره مملكت با آنان مشورت مي كردند . بعضي از اين افراد " اتابك " ( معلم يا مربي )  بعضي اميرزادگان سلجوقي نيز بودند. براي اداره ولايتهاي دور دست  گاهي بعضي از اين اتابكان را مامور مي ساختند ، چنانكه طغتكين پسر تاج الدوله تتش را در سال 479 ه.ق. مامور دمشق ساختند ، و عماد الدين زنگي ( از غلام زادگان سلطان ملكشاه سلجوقي ) ماموريت موصل را يافت . همچنين ، ايلدگز ( اتابك ارسلان شاه سلجوقي ) به آذربايجان رفت ، وسلغز به فارس و اتابك مويد الدين آي آبه به نيشابور و اتابك سام و عزالدين لنگر به يزد فرستاده شدند .

بيشتر اين اتابكان موقيعت خود را تا زمان حمله مغول به ايران حفظ كرده بودند و بعضي از آنان ،‌مانند اتابكان فارس و اتابكان آذربايجان ،‌بعد از مغول نيز تا سالها در ولايتهاي مذكور حكومت داشتند . مهمترين و معروفترين اين اتابكان ،‌اتابكان خوارزم بودند كه به خوارزمشاهان و خوارزمشاهيه نيز شهرت يافته اند .

خوارزم ، كه در كتيبه هاي هخامنشي به صورت هوارزميا و بعد از اسلام به صورت خوراسميه نيز آمده است ، نام ناحيتي است در سفلاي جيحون . حدود آن ناحيه از حوالي درياچه آرال تا سواحل درياچه خزر و نواحي ابيورد ،‌از شرق در تمام سواحل سيحون ، ادامه مي يافت و پايتخت آن خوارزم خوانده مي شد .

اين منطقه نزديك درياچه آرال وشامل دو قسمت بوده است : قسمت شرقي (‌كث )‌كه معمولا" ترك نشين بود و قسمت غربي رودخانه كه اورگنج خوانده مي شد و فارس زبانان در آنجا ساكن بودند . پهناي رودخانه جيحون در اين نواحي گاهي به دو فرسنگ مي رسيد . اين دو شهر در زمان حمله مغول بيشتر به صورت ويرانه درآمدند . معروفترين اتابكان در تاريخ ايران ، اتابكان خوارزمشاهي بودند . اصولا"‌بعد از اسلام ( به خصوص در زمان غزنويان ) ، حكام خوارزم همان عنوان پيش از اسلام خود ، يعني خوارزمشاه ر ابه دنيال نام خود داشتند ، چنانكه آلتون تاش در زمان سلطان محمود كه حاجب بزرگ او بود و حكومت خوارزم  را يافت به همين لقب ملقب گرديد . قبل از او نيز مامون و علي بن مامون ومامون بن محمد ، همين عنوان را داشتند . در روزگار سلجوقيان ، انوشتكين غرجه ( كه طشت دار سلاطين سلجوقي بود ) به اشاره سلطان ملكشاه سلجوقي به امارت ولايت خوارزم منصوب شد ( 470 ه.ق . ) و در واقع ، خراج ولايت خوارزم مخصوص طشت خانه سلجوقيان بود .
در سال 490 ه.ق. قطب الدين محمد – ازاولاد انوشتكين غرجه – به تاييد امير حبشي ( پسر آلتون تاش حكمران خراسان ) به سمت خوارزمشاهي معين شد . او تا سال 522 ه.ق. عنوان حكومت خوارزمشاه را به خود اختصاص داد .
پسر او ، اتسز ( اتسز = نميرا ،آنكه بايد زنده بماند ) با لقب علاء الدوله هم اين سمت را به ارث يافت . او با سبطان سنجر پادشاه مقتدر سلجوقي در گيري پيدا كرد و سلطان سنجر ( در سالهاي 533 ، 536 و 542 ه.ق. ) سه بار ناچار شد به خوارزم لشكر كشي كند . هر چند در هر سه بار اتسز مغلوب شد ،‌ اما به علت عذر خواهي مورد بخشش قرار گرفت و به دليل ضعف سلطان ، در كار خود ابقاء شد .

بعد از اين تاريخ هم كه سلطان سنجر گرفتار شورشهاي داخلي و حملات قراختاييان و غزها در شرق ايران بود ،‌ ديگر فرصت نيافت به خوارزم لشگر كشي  كند . از اين پس ،‌حكومت خوارزمشاهيان در حوزه اي وسيع به صورت مستقل ادامه يافت .

بعد از مرگ اتسز ، پسر او – ايل ارسلان – به حكومت رسيد ( 551 ه.ق. )‌. سپس سلطانشاه – فرزند ايل ارسلان – چند صباحي حكم راند ( 568 ه.ق. ) تااينكه برادرش – علاء الدين تكش – او را از خوارزم بيرون راند و خود مستقيما" خوارزمشاه شد .

علاء الدين در سال 569 ه.ق. با مويد الدين آي آبه ( اتابك نيشابور ) به جنگ پرداخت و او را به قتل رساند .طغانشاه – فرزند مويد الدين – هر چند در نيشابور به حكومت نشست ، اما هميشه مورد حمله خوارزمشاهيان قرار داشت. سرانجام ، طغانشاه از ملك دينار غز شكست خورد و حكومت مويديه در نيشابور پايان يافت .

جنگهاي معروف علاء الدين  تكش ، در چند جا ياد شده است : نخستين در نيشابور با سلطانشاه برادرش( 585 ه.ق. ) و بار ديگر ،‌جنگ او با برادر در مرو ( 589 ه.ق.) صورت گرفت . لشگر كشي ديگر او به بخارا براي سركوبي تركان قبچاقي ( 591 ه.ق .)‌انجام شد . هر چند سپاهيان او به علت گرما و تشنگي اغلب هلاك شده و سلطان شكست خورده برگشته است .

جنگ ديگر او در سال (590 ه.ق.) با سلجوقيان عراق بود كه در حوالي ري با طغرل سوم ( آخرين پادشاه سلجوقي ) جنگيد و او را شكست داد . خوارزمشاه پس از آن تا همدان نيز پيش رفت . آن گاه ،‌همدان و اصفهان را به قتلغ اينانج سپرد.

در جنگي كه ميان سپاه خليفه و لشكريان خوارزمشاه در حوالي ري و ساوه به سال 591 ه.ق. روي داد ، لشكر خوارزم تا خوار عقب نشستند . خوارزمشاه در سال 596 ه.ق. پسر خود تاج الدين شاه – را حاكم اصفهان كرد ، و پسر ديگرش – سلطان محمد را حكومت خراسان داد . وي در 19 رمضان سال 596 ه.ق. در گذشت . پس از وي سلطان محمد – پسرش – جانشين پدر شد .
در زمان اين پادشاه ، وضع ولايتهاي ايران دچار آشفتگي بود . كرمان كه به تسلط ملك دينار عز در آمده بود ( اگر چه چند صباحي به تسلط خوارزمشاهيان نيز در آمد ) به علت حملات طوايف شبانكاره و اتابكان فارس ،‌ از حيطه تسلط خوارزمشاهي خارج شد ( 599 ه.ق. ) . سلطان غياث الدين (‌حاكم غور ) به تحريك خليفه " الناصر لدين الله " بر خوارزمشاه شوريد و قسمتهايي از خراسان را از آن خود كرد .

همچنين ، به تحريك خليفه ، بعضي روساي اسماعيليه از جمله جلال الدين حسن اسماعيلي در قلاع الموت و رودبار ادعاي خود سري كردند . اين رفتارها باعث شد تا سلطان محمد خوارزمشاه به فتواي جمعي از علماي ماوراء النهر ،‌نام ناصر خليفه را از خطبه انداخت و فرمان داد كه يكي از سادات حسيني ترمذ را به عنوان خلافت دهند و خطبه به نام او خوانند . سپس در زمستان سال 614 ه.ق. به همراه سپاهي از طريق همدان عازم جنگ با خليفه عباسي شد . اما ، سپاهيانش به علت سرماي شديد در اسد آباد همدان دچار تلفات بسيار شدند و چون در شرق ايران آشفتگيهاي پديد آمده بود ، سلطان محمد به مرو بازگشت ( محرم 615 ه.ق. ) سلطان محمد خوارزمشاه از سال 613 ه.ق.      گرفتار حملات طوايف مغول در شرق ايران شده بود ، تا اينكه در سال 615 ه.ق. شهر كاشغر به تصرف مغولان در آمد. سلطان هر چند خود را به ماوراء النهر رساند ، اما در برابر لشكر مغول قادر به مقاومت نبود و همچنان از برابر آنان مي گريخت . وي در شوال سال 617 ه.ق. در جزيره " آبسكون " ( در درياچه خزر )‌ بيمار شد و درگذشت .